1997年经国务院学位委员会批准，四川大学设置工程硕士专业学位。2001年起，四川大学工商管理学院并相继开设了工业工程、项目管理、物流工程等三个领域。该专业学位项目旨在为我国工矿和工程建设部门，特别是国有大中型企业培养和输送高层次工程技术和工程管理人才。学院致力于构建一流的工程硕士师资平台。除在全校范围内选聘最优秀的教师担任工程硕士课程的教学工作外，还聘请国内外著名专家学者来校任教讲学。目前，在工程硕士任课教师中，教授、副教授占90%以上，具有博士学位的占70%。他们直接参与企业的管理工作，主持企业诊断、策划和咨询，以及担任大中型企业的管理顾问，在ERP、BPR、项目管理、项目评价、区域物流规划和计算机辅助管理等方面成绩突出。同时，学院还聘请众多成功企业家作为ME兼职教授。
2001年四川大学工商管理学院秉承“严于己·精于技·慧于心”的办学理念，成立工程硕士项目办公室，开始举办工业工程领域工程硕士项目。2004年全国第一批举办项目管理领域工程硕士项目，2005年开始举办物流工程领域工程硕士项目。为了更好地发挥学院的综合实力，2008年1月18日，四川大学工商管理学院工程硕士（ME）教育中心正式成立。2010年中心新增设工程管理硕士（MEM）专业学位、会计硕士（MPAcc）专业学位。2011年中心获得审计专业硕士专业学位招生资格。2012年四川大学工商管理学院正式更名为四川大学商学院，原四川大学工商管理学院工程硕士教育中心也改名为四川大学商学院工程硕士（ME）教育中心。2020年原工程硕士专业学位（ME）依教育部学科调整安排，并入工程管理专业硕士（MEM），成为工业工程与管理（125603）、物流工程与管理（125604）两个专业方向。四川大学商学院工程硕士（ME）教育中心也更名为四川大学商学院工程管硕士（MEM）教育中心。